Assim, o Peixe abriu mais uma vaga para uma equipe da Federação Paulista. Como avançou para as quartas de final do estadual, a Ponte Preta acabou herdando a vaga do Santos. Ao todo, o estado de São Paulo possui oito equipes classificadas para o torneio.
Caso o São Paulo consiga uma vaga na Libertadores, uma nova vaga será aberta. Neste caso, a Portuguesa disputaria a Copa do Brasil de 2025.
Além do Santos, Botafogo, Palmeiras, Fortaleza, Flamengo e Paysandu já estão garantidos na terceira fase da disputa.
Confira as equipes de cada estado que irão jogar a Copa do Brasil 2025:
Acre: Independência e Humaitá;
Alagoas: CSE, CRB, ASA e CSA;
Amapá: Oratório e Trem;
Amazonas: Amazonas e Manaus;
Bahia: Bahia, Vitória e Barcelona de Ilhéus;
Ceará: Ceará, Maracanã, Fortaleza e (campeão Taça Fares Lopes);
Distrito Federal: Capital-DF e Ceilândia;
Espírito Santo: Rio Branco-ES e Rio Branco VN;
Goiás: Atlético-GO, Vila Nova e Aparecidense;
Maranhão: Sampaio Corrêa e Maranhão;
Mato Grosso: União Rondonópolis, Cuiabá e Operário VG;
Mato Grosso do Sul: Dourados e Operário-MS.
Minas Gerais: Tombense, América-MG, Cruzeiro, Atlético-MG e Athletic Club;
Pará: Paysandu, Remo, Tuna Luso e São Francisco-PA;
Paraíba: Botafogo-PB e Sousa;
Paraná: Athletico-PR, Maringá, Coritiba, Operário-PR e FC Cascavel;
Pernambuco: Sport, Retrô e Náutico;
Piauí: Altos e Parnahyba;
São Paulo: Palmeiras, Santos, Bragantino, Novorizontino, São Paulo, Inter de Limeira, Votuporanguense e Ponte Preta.
Rio de Janeiro: Flamengo, Fluminense, Nova Iguaçu, Vasco, Botafogo, Portuguesa-RJ e Olaria;
Rio Grande do Norte: América-RN e Santa Cruz-RN;
Rio Grande do Sul: Grêmio, Juventude, Internacional, Caxias e (campeão da Copa FGF);
Rondônia: Barcelona-RO e Porto Velho;
Roraima: São Raimundo-RR e GAS;
Santa Catarina: Brusque, Criciúma e (campeão da Copa Santa Catarina).
Sergipe: Confiança e Sergipe.
Tocantins: União-TO e Tocantinópolis.
Metrópoles